Ο Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας έχει Σύστημα Διαχειριστικής Επάρκειας, ενώ έπειτα από επιθεώρηση και αξιολόγηση του εν λόγω Συστήματος, πιστοποιήθηκε από τον φορέα πιστοποίησης (Letrina S.A.), με το ISO 1429:2008 36521629 - MC πιστοποιητικό.
Ειδικότερα, ο ΕΛΚΕ διαθέτει Σύστημα Διαχειριστικής Επάρκειας για την υλοποίηση έργων δημοσίου χαρακτήρα (Συγχρηματοδοτούμενα Έργα), το οποίο επικαιροποιείται και τροποποιείται, σε τακτά χρονικά διαστήματα, μετά από σχετική επιθεώρηση.